2008年以来，连云港市不断探索和完善技术创新模式，加大扶持力度，全市重点产业和重点企业的自主创新能力显著提升。截至目前，连云港市工业企业已申请专利180件，同比增长60%，其中含金量更高的发明专利76件，增长106%，增幅以及发明专利所占比例居全省第二。这些创新成果显著推动了连云港市工业产业升级和创新的步伐。
产学研合作作为一种有效的自主创新方式，已在连云港市工业系统得到深入实践。目前，以项目为载体的产学研全面合作关系初步建立，骨干企业已与高校院所建立了广泛稳定的合作关系，产学研合作单位已发展到30多家，产学研共建实验室70多个。到目前，连云港市已经在汉高华威公司、中船重工集团第716研究所等6家单位设立了博士后科研工作站，数量居苏北首位。全市共培育组建了海洋化工、集成电路封装用环氧模塑料、新型复合包装材料等14家省级工程中心。
本土骨干企业在产学研联合上迈出了重要的步伐，并显示出较强的带头和示范作用。康缘药业和恒瑞医药两家骨干医药企业，分别立足中西药，建立了特色明显的妇科血瘀症研究平台和创新药物研发平台。今年，康缘药业还出资1600万元，联合南京中医药大学设立中医药科技创新与奖励基金，用于名优中成药深度开发及基于新药发现的应用性基础研究等。中复连众公司在成功收购德国第二大风力叶片生产和研发企业后，通过不断的技术创新，多项技术和产品填补国内空白，目前正在研发2.0兆瓦以上风机叶片。此外，东海硅微粉有限责任公司完成了“电子级低CTE覆铜板用超细硅微粉”，福东正佑照明有限公司成功开发了“污水处理高紫外透过率石英玻璃管”等一批硅材料新产品。
一批落户连云港的招商引资工业项目也成为推进连云港市自主创新的重要力量。投资2.4亿元的东海县龙源生物质发电公司秸秆发电项目已于年初竣工投产，该项目使用自主创新的技术，实现秸秆的整包投料焚烧。中国国电集团投资7.7亿元，在连云港市建设国家级风电技术研发中心和风电装备生产基地，研发生产目前全球容量最大的2.5至3兆瓦海陆两用风力发电机组。这样，连云港市将形成以发电机、叶片、塔架等制造与研发一体的、国内一流的风电装备产业链。
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